Legenda o nastanku manastira Đunisa vezana je za davno predanje o pojavljivanju Majke Božje i izvora svete vode na mestu na kome će kasije seljani podići manastir.
Predanje o čudotvornoj vodi manastira Đunis potiče još iz 1898. godine. U njemu se kaže da se Bogorodica prikazala trinaestogodišnjoj devojčici, pred kojom se tada otvorio izvor.
Majka Božija ga je blagoslovila i prorekla da će lečiti bolesne.
Majka Božja kazala je tada devojčici da prenese seljanima da na tom mestu podignu crkvu, a da bi označila tačno mesto gradnje, bacila je krčag vode na kamen, koji se, po legendi i svedočenju starijih sestara iz manastira, tokom vremena uvećava i sada se nalazi u maloj crkvi, prvobitno crkvi brvnari, podignutoj 1934. godine.
Manastir Đunis sa Crkvom Pokrova Presvete Bogorodice osvetio je patrijarh srpski Pavle.
Svake godine, 14. oktobra kada se slavi praznik Pokrov Presvete Bogorodice, u manastir Đunis slije se i po nekoliko hiljada vernika, koji žele da prisustvuju bdenju i jutarnjoj liturgiji.
Čudesna isceljenja izvorske vode od manastira Đunis načinila su pravo mesto hodočašća.
Meštani okolnih sela prepričavaju da su mnogi nepokretni, pošto su se napili vode sa izvora pored crkve, prohodali, slepi progledali, a nemi progovorili.